腦部掌管人的思想、感情、活動、記憶，內裏滿布神經線，進行腦部手術時稍一不慎可帶來可大可小的後果，也因此傳統開顱式腦科手術通常會大範圍翻開頭皮、鋸開頭骨，以便看清楚顱內狀況，並製造空間來運用手術器材，結果是併發症風險高、傷口大兼康復時間長。幸而技術不斷進步，腦科手術漸漸走向微創化，創傷較低，康復時間已大為縮短，且能處理顱底腫瘤等更多奇難雜症。

微創腦科手術可以經鼻竇、眼窩或在顱骨鑽開小洞，再放入內窺鏡提供顱內影像和足夠照明，醫護人員便可利用特別設計的儀器做手術。這類手術的開刀範圍可能只有2至3公分，若經鼻竇進入則表面更完全沒有傷口，不似傳統開顱式手術往往在10公分以上。

另方面，內窺鏡鏡頭的解像度和光源能夠高清拍攝顱內情況，而且可以提供三維立體成像，醫護人員可以看清顱骨深處，視野亦大幅擴大，不似傳統開顱手術依靠外來光源照明而導致很多「死角位」出現。加上超聲波、磁力共振等造影及導航技術，醫護人員可以更仔細地規劃動刀的範圍和角度，提高腦內腫瘤清除率和安全性之餘，又能減低對附近組織的傷害。

以腦下垂體腫瘤為例，全內窺鏡經鼻竇切除手術已經成為主流，亦適合用來處理一些病情較為復雜的顱內病變，如「嗅覺神經母細胞瘤」（EMB）。這類沿顱底篩板入侵腦部，傳統開顱術需要在病人鼻竇、顱骨兩處同時開刀，發生嚴重併發症風險頗高。相反微創手術只需經鼻竇放置內窺鏡進入顱內，便能完整切除腫瘤，以及修補手術在顱底篩板造成的破洞，防止腦髓液滲漏，病人出現併發症的機會大幅降低，亦減輕手術對病人身體造成的負擔。此外，內窺鏡亦可結合顯微鏡進行顱底腫瘤手術，幫助提高腫瘤清除率及減少復發。

微創腦部手術有很多好處，但亦有其局限，腦部惡性腫瘤（腦癌）、嚴重頭部創傷，以及由中風引起的腦壓過高都不適合以微創手術處理，仍需較大範圍的開顱手術才能有效治療。而無論是傳統還是微創，腦科手術仍是一項大手術，存在一定的風險，別因為微創或傷口細小而忽視手術的危險性。